Гэндзюцу ( «техники иллюзий») — это техники, которые используют чакру нервной системы жертвы для создания иллюзии; в основном передовое интеллектуальное ниндзюцу. Те кто располагает особыми навыками, как например Шаринган клана Учиха, или высоким интеллектом, могут исполнять и противостоять гэндзюцу, поскольку внимание является ключом к постижению техник этого типа. Простейшие гэндзюцу представляют собой создание иллюзий для слуха, осязания, зрения, вкуса и/или обоняния жертв. Другими словами, гэндзюцу воздействует на пять чувств, хотя существуют и другие его проявления. Ниндзя, находящиеся под влиянием техник иллюзий, застывают на месте или теряют сознание, что зависит от способности узнавать и защищаться от них.

Жертва, используя собственную чакру для прерывания её потока, может прервать гэндзюцу; эта техника называется Кай. Если же синоби не в силе отменить гэндзюцу, внешняя интенсивная боль может вывести его из этого состояния. Кроме этого жертве может помочь посторонний ниндзя, направив свою чакру для приостановления/помехе циркуляцию чакры  в теле жертвы, через физический контакт.

В то время как люди и собаки легко попадают под воздействия гэндзюцу, насекомых же невозможно контролировать такого рода техниками. Это происходит из-за того, что гэндзюцу воздействует на мозг жертвы, который у насекомых практически отсутствует. Со слов Шино, они управляются в основном за счёт пяти чувств, что делает их невосприимчивыми к гэндзюцу, а членов клана Абурамэ способными обнаружить и рассеять даже самые мощные из дзюцу этого типа.

Тайдзюцу («техники тела» или «рукопашный бой») называют любую технику, относящуюся к боевым искусствам или использованию природных человеческих способностей. Другими словами, тайдзюцу использует выносливость напрямую, не превращая её в чакру. Тайдзюцу намного быстрее в использовании, но не всегда настолько же мощны по эффекту, как ниндзюцу или гэндзюцу. В некоторых случаях чакра используется для усиления тайдзюцу, как в Мягкий удар клана Хюга или в разрушительных атаках Сакуры и Цунадэ. Несмотря на это, большинство специалистов в тайдзюцу редко прибегают к использовании чакры в своих атаках, как например Майто Гай и Рок Ли. Но для использования некоторых приемов требуется открыть некие врата которые находятся в теле человека.

Ниндзюцу — неопределённое выражение, имеющее ввиду почти любую технику, для выполнения которой необходима чакра, дающая пользователю исполнять что-либо, что он иначе не смог бы сделать. Самые ранние формы ниндзюцу, как говорят, были созданы первым владельцем Риннэгана. В отличие от гэндзюцу, которое погружает противника в иллюзии, эффекты ниндзюцу весьма реальны. Для исполнения данных техник полагаются на чакру и, чаще всего, на ручные знаки (каждое положение рук олицетворяет одно из животных Китайского Зодиака). Руки помещают в последовательные положения, которые формируют чакру в необходимом количестве для выполнения дзюцу. Однако это не всегда является обязательным, некоторые простые техники становятся второй природой опытного синоби, после чего он может выполнять и контролировать их с помощью своей силы воли. Кроме того, некоторые ниндзюцу могут быть классифицированы как природные дзюцу, это происходит при использовании определённой стихии (земли, огня, молнии, воды, ветра).